Aplikacja przeznaczona do optymalizacji i usuwania z systemu zbędnych plików pozostawionych po codziennej pracy z komputerem przez różnego typu aplikacje. Dzięki tym funkcjom program postrzegany jest jako jedno z najlepszych narzędzi do ochrony prywatności.

Aplikacja umożliwia, za pomocą jednego kliknięcia, wyczyszczenie pozostałości po surfowaniu w Internecie w tym listy odwiedzanych stron internetowych i pobieranych plików, ciasteczek (cookies) oraz tymczasowych plików internetowych. Ponadto CCleaner pozwala na opróżnienie zawartości kosza, systemowego schowka, listy ostatnio uruchamianych programów, listy ostatnio otwieranych dokumentów (także w poszczególnych aplikacjach) oraz wielu innych.
CCleaner oferuje również kilka innych przydatnych funkcji. Wśród nich możliwość zarządzania programami uruchamianymi wraz ze startem systemu oraz optymalizowanie jego pracy dzięki usuwaniu tymczasowych plików i wyszukiwaniu potencjalnych problemów w rejestrze. Dodatkowo w module narzędzia udostępniono również możliwość odinstalowywania programów z systemu.